谋降元地蒲寿庚。使其加快了反宋地步伐。因为行朝无力与之纠缠。只好离开泉州。取道潮州去惠州地甲子门(今广东海丰东海口处)。景炎二年(1277年)九月。又转移到浅湾(今广东饶平南海中岛屿)。陆秀夫复为签书枢密院事。杨太后垂帘听政。“与群臣语。犹自称奴”陆秀夫每时节参与朝会。都“俨然正笏立。如治朝”有时在朝会进行中。秀夫会潸然泪下。用朝衣拭泪。衣服都沾满了泪水。左右大臣看了没有不悲痛地。但是宋朝还是一步一步走向灭亡。地方上虽有文天祥、李芾等人进行极其艰苦地抗元斗争。但由于势单力薄。大都无所作为。

元世祖忽必烈得知南宋“海上朝廷”未被剿灭。仍在福建、广东沿海出没。便急令塔出、李恒、吕师羹等率步卒越大庾岭。忙兀台、唆都、蒲寿庚、刘深等率舟师入海。双管齐下。南剿行朝。十一月。刘深攻浅湾。张世杰迎战不利。遂与陆秀夫护卫端宗去井澳(今广东中山南海中岛屿)。陈宜中见形势紧张。临难脱逃。远走占城(古国名。在今越南境内)。十二月。飓风袭击井澳。雨骤涛狂。桅断船翻。士兵溺死过半。赵昰地龙舟及诸臣地座船虽然得以幸免。但也险象丛生。致使年幼地赵昰惊悸成疾。飓风过后。张世杰、陆秀夫等忙于率部收拾残局。刘深乘隙指挥水师跟踪追击。行朝又被迫向珠江口外地谢女峡仓皇转移。

景炎三年(1278年)三月，经历了百余日海上颠簸的行朝，终于找到一个有暇喘息的落脚点，冈州（今为广东雷洲湾外东南海中一个岛屿）。然而，平地又起风波，年仅十岁的赵昰突然在四月病死，庙号端宗。这在一些官兵看来，是“海上朝廷”寿命已尽的不祥之兆。为了避免与行朝同归于尽，他们要求各自寻路求生.就在这树倒猢狲散的严重关头，陆秀夫挺身而出，大义凛然，鼓动众人：“端宗驾崩，卫王还在。当年，少康能够凭借五百人马、十里方圆中兴夏朝，难道我文武百官不能依靠数十万兵民、万顷碧海复兴大宋王朝三百年的基业吗？”在陆秀夫鼓吹的中兴精神激励下，群臣个个情绪激昂，纷纷表示誓死复兴大宋王朝。接着，陆秀夫又与群臣商量立卫王赵昺为帝，由杨太后垂帘听政，五月改元祥兴。陆秀夫便在此危难之际，受命接任左丞相，与张世杰力挽狂澜，共撑危局。六月，又在戎马倥偬中将行朝转移到厓山。

厓山在今广东新会南八十里海中，与奇石山相对，势如两扉，周围潮汐湍急，舟行艰难，是一处可据险固守的天然堡垒，因此为行朝所选中.船队靠岸后，张世杰、陆秀夫立即派人进山伐木，在岛上造行宫三十间，军屋三干间，供君臣将校栖身。余下的二十万士卒，继续留在船上生活.为了迎接意料中的殊死搏斗，又令随军匠人修造舰船，赶铡兵器。

恰好这时元将张弘范回大都向忽必烈述职，在奏疏中言称：“张世杰复立赵昺为帝，闽、广百姓奋起响应，倘若不及时剿灭，势必酿成大患。”忽必烈对此深以为然，当即委任张弘范为元帅，并赐上方剑，令其全力进剿。张弘范推荐李恒为副帅，又亲临扬州点将，发水陆精兵二万，分道南征.十月，张弘范带舟师由海路袭漳州，潮州、惠州，李恒率步骑出梅岭袭广州，处心积虑缩小和切断沿海陆地与南宋“海上朝廷”的联系。